Il s’agit du site le plus important de la péninsule du Yucatán qui ne peut être comparé qu’avec Chichen Itza son éternelle rivale. La Cité s’étendait sur 70 km² et développa un réseau de 45 chemins (sacbeob) permettant de circuler dans les différents ensembles mais aussi de se rendre vers les territoires sous tutelle de la Cité. Le sacbe (chemin) de Yaxuna mesurait 100 km. Les archéologues pensent que Cobá aurait eu une population de 50,000 habitants (et peut être plus) lors de son apogée.

Le site aurait été occupé par des groupes humains dés le Ier siècle avant J-C. comme l’indique les traces de plateformes basses et de constructions en bois et en palmier et les datations des céramiques les plus anciennes. Mais la population du site a commencé à croître réellement à partir du Ier siècle après J-C.

Néanmoins la majorité de la Cité fût construite au milieu de l'Ère Classique de la civilisation (entre 500 et 900 après J-C.). La plupart des glyphes inscrits sur les stèles de la Cité datent du VIIème siècle. Entre 200 et 600 Cobá devint l’une des plus grandes et puissantes cités de la civilisation maya. Elle semble avoir exercé un très fort contrôle territorial sur tout le Nord de l’actuel Etat du Qintana Roo et sur l’Est du Yucatán.